couv sante
La bioinformatique désigne le vaste ensemble des activités de traitement des données relatives au monde du vivant. Cela recouvre par exemple des domaines comme la génomique et toutes ses déclinaisons (fonctionnelle, structurale, comparative...), la reconstruction phylogénétique, la modélisation moléculaire, la génétique d'association, la biologie des systèmes, la biologie intégrative. Des traitements automatisés les plus basiques au plus sophistiqués, la bioinformatique s'attache in fine à extraire des connaissances pour faire progresser la biologie ou la recherche biomédicale, à partir de données souvent massives et complexes. Les applications en bioinformatique concernent par exemple les secteurs suivants : santé, recherche bio-médicale, agronomie, agro-alimentaire, environnement, mer, industrie pharmaceutique, biologie végétale, cosmétologie. Le traitement d'images pour la recherche en biologie ou la recherche biomédicale constitue une catégorie spécifique de ces activités de traitement automatisé des données issues du monde du vivant.

Principaux sujets abordés dans les enseignements de ce secteur à Nantes

  • Algorithmique, programmation, bases de données, système d'exploitation pour les biologistes
  • Biostatistique appliquée à la santé et à la biologie
  • Fouille de données en bioinformatique
  • Algorithmes et méthodes pour la bioinformatique
  • Génomique humaine
  • Bioinformatique appliquée; bioinformatique structurale
  • Développements récents des capteurs et méthodes en imagerie
  • Informatique médicale avancée
  • Procédures médicales et chirurgicales assistées par ordinateur
  • Méthodes de gestion de données massives et complexes en imagerie

Parcours « Bioinformatique / Biostatistique » (BIOINFO)

  • UFR Sciences et Techniques (campus Lombarderie), UFR Médecine (campus centre-ville) et UFR Pharmacie (campus centre-ville)
  • double mention : Informatique et Biologie-Santé

Description

Le parcours bioinformatique (Professionnel + Recherche) répond tant à la demande de formation d'ingénieurs en bioinformatique (correspondant à celui d'Ingénieur d'Etude ou d'Ingénieur de Recherche en secteur public) qu'à celle de formation de chercheurs possédant une expertise en biologie et en traitement des données du monde du vivant (animal, dont humain, ou végétal). Présenté sous les deux mentions Informatique et Biologie-Santé, ce parcours s'adresse à des étudiants dont la formation initiale est la biologie, ou la biochimie, au sens large.  Les enseignements délivrés sous les deux mentions sont identiques. En année 1 (M1 Bioinformatique / Biostatistique), de solides bases en informatique, bioinformatique et biostatistique sont délivrées. Un projet et un stage de deux mois en entreprise ou en laboratoire de recherche complètent cette année. A l'issue de l'année 1, les étudiants continuent en Bioinformatique (M2 Bioinformatique) ou bien optent pour une spécialisation en Modélisation en Pharmacologie Clinique et Epidémiologie (M2 MPCE). En année 2 du parcours Bioinformatique, les connaissances et compétences en informatique et bioinformatique sont renforcées et un stage de 5 mois et demie clôture la formation. L'accès en année 1 est de droit pour les  étudiants de  biologie, ou de biochimie, au sens large ;  sur dossier de validation des acquis pour les étudiants issus de filières de biostatistique appliquée. L'accès est sélectif, sur dossier, pour l'année 2 du parcours de Bioinformatique. L'année M2 du parcours de Bioinformatique prépare aussi bien à la poursuite d'étude en doctorat, à une carrière d'ingénieur bioinformaticien ou à l'intégration dans une société de service et d'ingénierie en informatique.

Partenaires

Structure Fédérative de Recherche François Bonamy (Nantes), structure Fédérative de Recherche  ICAT (Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques) (Angers), structure Fédérative de Recherche  QUASAV (Qualité et Santé du Végétal) (Angers), Agro-campus Ouest, ONIRIS

Parcours « Signaux et images en biologie et médecine » (SIBM)

  • Polytech'Nantes (campus Chantrerie)
  • Co-habilité avec l'Universités de Rennes 1, d'Angers, et de Brest

Description

Le parcours SIBM vise à former des experts tant sur le plan des concepts et outils (capteurs en imagerie médicale, outils informatiques en traitement et analyse d'images) que sur celui de l'initiation pratique à la recherche à travers d'exemples représentatifs et concrets. L'objectif de la formation est double; former :
* des Professionnels de Santé (radiologues, spécialistes de médecine nucléaire, cliniciens ou chirurgiens, pharmaciens, biologistes) aux techniques d'imagerie pour leur donner les éléments utiles au paramétrage de l'acquisition des données (routine ou recherche) et les bases théoriques des méthodes d'analyse et de traitement que l'on peut appliquer aux images acquises.
* des Scientifiques (physiciens, spécialistes du traitement du Signal, informaticiens, biologistes) qui ont dans les domaines de l'acquisition, du traitement et de l'analyse des images médicales une bonne maîtrise des outils théoriques sous-jacents et une bonne compréhension du domaine d'application.
La finalité est donc de donner à des scientifiques les compléments de formation qui leur permettront de travailler avec les professionnels de santé (et vice-versa), tant dans les laboratoires de recherche publics qu'en recherche et développement dans le secteur privé.